O IEC possui a natureza peculiar de ser um órgão de pesquisa biomédica e prestação de serviços em Saúde Pública, isso constituindo sua missão institucional. Da articulação continuada dessas duas situações, nasceu uma realidade na qual a prestação de serviços serve freqüentemente como indicador para o desenvolvimento das linhas de pesquisa adotadas pela Instituição.

O IEC atua em seis instâncias diferentes da Saúde Pública e da pesquisa biomédica: fazendo Vigilância em Saúde e Meio Ambiente; atendendo a Problemas de Saúde e Meio Ambiente que emergem nos Estados amazônicos, tais como surtos de doenças em humanos, mortandade de peixes, suspeita de contaminação da água por metais, e ou pesticidas clorados ou fosforados, casos de doença humana não diagnosticada; como apoio das instâncias Estaduais e Municipais em demandas que não são atendidas pelos LACENs; em Projetos de pesquisa na área de Saúde e de Meio Ambiente, custeados por agências financiadoras no Brasil e do exterior; na preparação de recursos humanos e em apoio a Secretaria de Vigilância em Saúde/MS em diferentes circunstâncias.

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